居飛車の場合、後手番でも「三間横歩取り」は脅威ではありません。無理矢理横歩を取る変化は「『三間横歩取り』先手番の対策」にありますのでご覧ください。
振り飛車最初の対策は、「△4三銀」です。相手が歩交換をしてきたときに、△4三銀と上がって歩を守ります。▲5五角が怖い気もしますが、きちんと受かるので大丈夫です。いろいろな筋に飛車を振れるので、こちらが手が広くお勧めです。
先手番の対策でも紹介した「石田流には石田流」は後手番のときも使えます。石田流が得意な人にはお勧めの対策です。
「三間横歩取り」に対し後手番で受けるときは、△4三銀とするのが有力です。ですが、「三間横歩取り」自体、かなりマイナーな戦法ですのであまり気にすることはないでしょう。